El clima es uno de los principales factores condicionantes de la distribución de las plantas. Determinados umbrales de temperatura y de disponibilidad hídrica delimitan las condiciones en las que las plantas pueden completar sus ciclos vitales. Las clasificaciones bioclimáticas establecen tipos climáticos cuyos límites, definidos por parámetros e índices climáticos, se ajustan a la distribución de determinadas plantas y comunidades vegetales. Para caracterizar el ámbito bioclimático de las series y faciaciones de vegetación hemos utilizado la clasificación de Rivas-Martínez (1987).

En las dos regiones biogeográficas de la Península Ibérica, Mediterránea y Eurosiberiana, existen termotipos y ombrotipos que establecen respectivamente ámbitos de temperatura y precipitación relacionados con la distribución de la vegetación. Mediante la combinación de termotipos y ombrotipos se definen los pisos bioclimáticos.

En la región Mediterránea el clima es mediterráneo, caracterizado por la sequía estival; en el período en el que la temperatura es apropiada para el crecimiento de las plantas el agua disponible es muy limitada, lo que ha hecho que las plantas presenten adaptaciones como la esclerofilia, observable p. ej. en las hojas de la carrasca, árbol que domina una de las formaciones mediterráneas más características, los carrascales. Este clima es el de la Ribera de Navarra y casi toda la zona media.

En la región Eurosiberiana el clima es templado, no hay sequía estival y la disponibilidad hídrica es más regular a lo largo del año. Los bosques planocaducifolios son los más característicos (hayedos, robledales de roble pedunculado, etc.). Este clima es el del tercio septentrional de Navarra, al N de Codés, Lokiz, Andia, El Perdón, Alaiz-Izco y Leire. En el cuadrante NO, sobre todo al N de la divisoria, es muy oceánico, con oscilaciones térmicas moderadas y elevada pluviosidad, mientras que hacia el E la continentalidad aumenta y disminuye la precipitación, salvo en las cotas altas del Pirineo.

En el límite de las regiones Mediterránea y Eurosiberiana el clima muestra características intermedias, existe sequía estival, pero moderada; el clima presenta un carácter submediterráneo al que están adaptadas formaciones como los robledales de roble peloso y algunos tomillares.