El área de recepción de muestras se encuentra en la 3ª planta del pabellón L. Las muestras que se reciben pertenecen a:

• Pacientes ingresados en el Hospital Universitario de Navarra,
• Pacientes de otros Hospitales como el Hospital Reina Sofía de Tudela y el Hospital García Orcoyen de Estella
• Pacientes de los diferentes centros de salud de Navarra 
• Pacientes de Residencias
• Pacientes de algún hospital concertado
• Pacientes que entregan sus propias muestras en la ventanilla de recepción.

La ventanilla para la entrega de muestras se encuentra abierta:

• De lunes a domingo, incluido festivos de: 8h a 21h

En esta área se realiza la recepción de los distintos tipos de muestra: orina, heces, sangre, suero, exudados, biopsias, etc.; su posterior etiquetado y registro, y la siembra y distribución de las muestras por las distintas áreas del servicio de microbiología.

Además de la entrega de muestras, al área de recepción de muestras, llegan pacientes varones con cita previa que serán atendidos en la consulta de Infecciones de Transmisión Sexual por nuestros facultativos. 

El área de bacteriología está distribuida en diferentes secciones. En todas las secciones, el procedimiento, es identificar el microorganismo causante de la infección, y realizar un estudio de sensibilidad antibiótica de dicho microorganismo, para así, ayudar al médico a la hora de recetar el antibiótico al paciente. Cada sección trabaja unas muestras diferentes.

1. Hemocultivos

Se estudia la presencia de microorganismos en sangre, a lo que se denomina bacteriemia. Se trata de una de las infecciones más graves y con mayor prioridad clínica.

Además, se realiza el estudio de bacterias multirresistentes en pacientes ingresados en la Unidad de Cuidados Intensivos (UCI), estudio de portadores neonatales y el estudio de neumonías por Streptococcus pneumoniae y Legionella pneumophila a través de una técnica rápida en orina.

2. Líquidos y exudados

Se trabajan todos los líquidos estériles, como líquido cefalorraquídeo, líquido ascítico, articular o pericárdico entre otros, para el estudio de infecciones de los mismos, que se pueden traducir en meningitis, infecciones intraabdominales, articulares o pericarditis.

También se trabajan exudados procedentes de todo tipo de heridas y abscesos para conocer la etiología de la infección.

Además, se realiza estudio de biomateriales implantados en el cuerpo como prótesis, material de osteosíntesis o válvulas para descartar su infección.

3. Respiratorio y micobacterias

Se estudian neumonías tanto comunitarias como intrahospitalarias. Además, se estudian infecciones de vías respiratorias altas como faringitis, y otras infecciones infecciones relacionadas como infecciones óticas, conjuntivales y candidiasis oral o muguet.

Por otro lado, existe un Área independiente para el estudio de Micobacterias en todo tipo de muestras, tanto del grupo de Mycobacterium tuberculosis, como de las denominadas micobaterias atípicas.

Por último, también se estudian muestras invasivas del tracto respiratorio bajo obtenidas en el hospital por especialistas, tanto líquidos pleurales como broncoalveolares y biopsas pulmonares.

4. Coprocultivos y parásitos

La infección gastrointestinal presenta un amplio espectro de manifestaciones clínicas que incluyen vómitos, diarrea o dolor abdominal y se adquiere principalmente por la ingestión de alimentos y agua contaminados o por contacto interpersonal.

La infección gastrointestinal está causada por bacterias (Campylobacter spp., Salmonella spp., Shigella spp...), virus (Norovirus, Sapovirus, Rotavirus…) y parásitos (Giardia lamblia, Cryptosporidium spp…).

Actualmente, en el Servicio de Microbiología clínica del Hospital Universitario de Navarra, el diagnóstico microbiológico de la infección gastrointestinal se realiza por técnicas de biología molecular que detectan simultáneamente múltiples enteropatógenos e incrementan la sensibilidad y rapidez diagnóstica.

Esta sección realiza también el diagnóstico microbiológico de malaria y de la infección por Helicobacter pylori.

5. Urocultivos

La infección del tracto urinario (ITU) es una de las infecciones más frecuentes. Tradicionalmente distinguimos entre ITU complicada y no complicada. Las ITU no complicadas comprenden la cistitis y pielonefritis en individuos sanos, fundamentalmente ocurre en mujeres jóvenes.

La herramienta fundamental para el diagnóstico de la ITU es el urocultivo, actualmente se recomienda en todos los casos, excepto en las cistitis no complicadas en mujeres. El urocultivo, además de servir como herramienta diagnóstica de la ITU, provee de la información necesaria para realizar mapas de etiología y sensibilidad antibiótica. En este Servicio, el estudio microbiológico de la orina incluye la detección de la presencia de leucocitos mediante citometría de flujo, que proporciona información precisa y valiosa para la interpretación correcta del resultado del urocultivo.

6. Infecciones genitales y de transmisión sexual

Las infecciones de transmisión sexual (ITS) son un importante problema de salud pública tanto por su magnitud como por sus complicaciones y secuelas si no se realiza un diagnóstico y tratamiento precoz. Actualmente, su frecuencia va en aumento en la Comunidad Foral de Navarra tal como muestra en las publicaciones del Instituto de Salud Pública y Laboral de Navarra (ISPLN).

Las ITS se manifiestan en forma de uretritis en los varones y como cervicitis en las mujeres. Además, pueden existir infecciones que cursan de manera asintomática. También se pueden detectar a nivel faríngeo y/o rectal, dependiendo de las prácticas sexuales. Estas infecciones se diagnostican tanto por cultivo como por pruebas específicas de biología molecular (PCR).

Disponemos de una consulta de ITS para varones en dónde se realiza una atención integral de los pacientes que acuden a la misma, con recogida de muestras, diagnóstico, tratamiento y asesoría.

Streptococcus agalactiae es responsable de infecciones neonatales graves. Para detectar las mujeres colonizadas por SGB susceptibles de quimioprofilaxis se realiza un cultivo vaginal y rectal en las embarazadas entre las 35 a 37 semanas de gestación.

7. Micología

En esta unidad se lleva a cabo, fundamentalmente, el diagnóstico microbiológico de las denominadas micosis cutáneas; infecciones causadas en su mayoría por un grupo heterogéneo de hongos filamentosos denominados dermatofitos (capaces de invadir tejidos queratinizados como la piel, el pelo o las uñas) y denominadas comúnmente dermatofitosis o tiñas.

8.Control de Esterilidad

Se trabajan diferentes muestras para garantizar, que ciertas áreas críticas, como el aire de los quirófanos o el agua usada en las zonas de hemodiálisis, tanto de nuestro hospital como del Reina Sofía de Tudela, permanezca estéril de hongos y bacterias. También se trabajan otras muestras, biológicas que se van a administrar a los pacientes (trasplantes de córnea, colirios autólogos, donaciones de tejido, etc.) en los que tiene que garantizarse su esterilidad.

Se trabaja con muestras de suero, y se llevan a cabo numerosas determinaciones. Se trata de un área mucho más automatizada, en la que la mayoría de las pruebas son realizadas por equipos de quimioluminiscencia.

La serología es de gran utilidad cuando el microrganismo causante de la infección se trata de un virus o una bacteria difícil o imposible de cultivar. Nos permite detectar la presencia de antígenos específicos de cada microrganismo o de anticuerpos producidos por nuestro sistema inmune frente a un microorganismo específico.

La serología tiene un papel fundamental en el diagnóstico del Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH) y de los virus de la Hepatitis B o C, infecciones que tienen una gran relevancia clínica. Mediante serología también se realiza el diagnóstico de enfermedades transmitidas por vectores, tanto víricas (dengue, zika y chikungunya) como bacterianas, por ejemplo, la Enfermedad de Lyme, causada por Borrelia burgdorferi, que se transmite por la picadura de garrapatas.

Una técnica serológica muy empleada es la inmunofluorescencia indirecta (IFI), que permite por ejemplo la confirmación de infecciones producidas por Coxiella burnetii (Fiebre Q) y Bartonella spp.

Área de diagnóstico para todo tipo de infecciones: respiratorias, congénitas, sepsis, neurológicas, ITS...siempre desde un punto de vista clínico y en conjunción con el resto de áreas de Microbiología. Al diagnóstico molecular por PCR se ha sumado en los últimos años la secuenciación (Ejm: PCR Panbacterianas o Panfúngicas) así como la secuenciación masiva (NGS) con lo que se ha abierto un amplio abanico de posibilidades no solo diagnósticas si no también epidemiológicas en cuanto a la caracterización molecular de genotipos, variantes...con las implicaciones que tiene para la Salud Pública en general.

Esta unidad, dotada con secuenciadores de segunda y tercera generación (Illumina y Oxford Nanopore, respectivamente), da soporte al resto de áreas del Servicio con la ejecución de experimentos genómicos y el bioanálisis de resultados. Entre otros, la unidad es responsable de los estudios genómicos para la caracterización y la vigilancia de las infecciones intrahospitalarias y la resistencia antimicrobiana, y el estudio de la deriva genómica del virus SARS-CoV-2.

En esta sección se estudia la sensibilidad antibiótica por disco-difusión, por difusión cuantitativa y por microdilución. Se caracterizan fenotípica y genotípicamente los mecanismos de resistencia a antimicrobianos.  Además, se realizan estudios de sinergias entre combinaciones de distintos antibióticos. Proporcionamos información periódica sobre la evolución de la sensibilidad antibiótica, por microorganismos y por unidades de hospitalización y participamos activamente en los programas asistenciales de optimización del uso de antimicrobianos (PROA). Otra de nuestros objetivos es controlar las resistencias antimicrobianas, y para ello elaboramos informes de resistencias de la comunidad foral de Navarra, participamos en redes nacionales e internacionales de seguimiento de resistencias y hacemos una tipificación molecular para vigilancia epidemiológica y control de brotes.

A esta consulta serán derivados aquellos varones que presenten signos y síntomas de tener una infección por microorganismos de transmisión sexual, además de sus contactos en caso de ser necesario. Nuestros facultativos médicos les atenderán en consulta, les tomarán las muestras necesarias para el diagnóstico y les recetarán la medicación acorde con su infección. Además, les harán un seguimiento en consultas sucesivas o telefónico.

En 2014 se aprobó el Plan Nacional frente a las Resistencias Antibióticas (PRAN). Es un plan estratégico cuyo objetivo es reducir el riesgo de selección y diseminación de resistencias a los antibióticos.

Dentro de las líneas de acción del PRAN, el Servicio de Microbiología tiene especial relevancia en la vigilancia, control y prevención mediante la vigilancia de las resistencias bacterianas, la realización de mapas de sensibilidad antibiótica e indicadores de resistencia, en la implementación y difusión de Equipos PROA (Programas de Optimización del uso de Antimicrobianos) y en el uso de pruebas de diagnóstico rápido.

Desde el PRAN se promovió la creación de una Red de laboratorios de Referencia (Red LabRA), que en nuestra CCAA está ubicado en el Servicio de Microbiología del HUN. Y la publicación de las Normas de Certificación de los Equipos PROA, con un importante paquete de medidas que dependen del Servicio de Microbiología.

Cabe destacar que, en Navarra, la figura de Coordinador Científico Técnico recae en el Servicio de Microbiología del HUN.

Nuestro laboratorio está comprometido con los criterios generales de acreditación de Laboratorios Clínicos (norma UNE-EN ISO 15189:2023), y estamos en proceso de acreditar varios de nuestras técnicas, como son:

• • PCRs cuantitativas de VIH, Hepatitis B, Hepatitis C, Citomegalovirus, Virus Epstein-Barr y virus BK.
  • PCR cualitativa de SARS-CoV-2.
  • Detección de endotoxinas y recuento de aerobios en líquidos y aguas de hemodiálisis