El objetivo de la histoquímica es poner de manifiesto una molécula o familia de moléculas presentes en una sección histológica y estudiar su distribución tisular "in situ".

Hay dos tipos de técnicas histoquímicas: reacciones químicas y enzimáticas.

• Las reacciones químicas consisten en la modificación química de moléculas del tejido para posteriormente poder colorearlas. Existen técnicas histoquímicas para detectar glúcidos, proteínas y nucleótidos.
• La histoquímica enzimática se basa en la capacidad que tienen algunos enzimas del tejido de mantener funcional su centro activo tras el proceso de fijación. Estos enzimas y las células que los poseen se ponen de manifiesto mediante una reacción enzimática que convierte a unos sustratos solubles e incoloros en productos insolubles y coloreados.

Disponemos de un total de 28 técnicas.

La inmunohistoquímica es un procedimiento que tiene como objetivo detectar, amplificar y hacer visible un antígeno específico, que generalmente es una proteína. Esta técnica permite identificar la localización de una sustancia específica a nivel tisular o celular. Se basa en la utilización de anticuerpos que se unen específicamente a una sustancia que se quiere identificar (antígeno primario).

Disponemos de un total de 330 anticuerpos disponibles para ser utilizados sobre muestras histológicas y citologías.

Disponemos de protocolos de ganglio centinela en melanoma, cáncer de mama, cáncer de endometrio, cáncer de vulva, cáncer de cérvix y cáncer de pene.

La inmunofluorescencia es una técnica de inmunomarcación que hace uso de anticuerpos unidos químicamente a una sustancia fluorescente para demostrar la presencia de una determinada molécula.

La inmunofluorescencia primaria, o directa, también conocida por sus siglas IFD (inmunofluorescencia directa), hace uso de un único anticuerpo que se encuentra químicamente unido a un fluorocromo. El anticuerpo reconoce la molécula diana y se une a ella directamente. En el caso de utilizarse como técnica de tinción inmunohistoquímica la región donde se deposita la molécula diana puede ser identificada al microscopio de fluorescencia como una zona brillante.

Un microscopio electrónico usa electrones en lugar de luz visible para formar imágenes de objetos diminutos. Los microscopios electrónicos permiten alcanzar amplificaciones mayores antes que los mejores microscopios ópticos, debido a que la longitud de onda de los electrones es bastante menor que la de los fotones "visibles".

Se utiliza para estudio de las biopsias renales fundamentalmente.

Disponemos de las siguientes técnicas moleculares para el análisis de alteraciones somáticas presentes en tejido patológico, fundamentalmente tumoral:

• A) Hibridación in situ mediante fluorescencia (FISH): Es una técnica que detecta secuencias de ácidos nucleicos en células o tejidos preservados mediante el empleo de sondas dirigidas que hibridan en lugares específicos del genoma. Dichas sondas están marcadas con fluorocromos que emiten fluorescencia y permiten la visualización directa mediante microscopía de las alteraciones moleculares de las secuencias analizadas, fundamentalmente fusiones y amplificaciones génicas.
• B) Extracción de ácidos nucleicos (ADN, ARN) obtenidos mediante kits específicos a partir de secciones de tejido parafinado y muestras citológicas teñidas y muestra de plasma (ADN/ARN libre circulante-Biopsia líquida).
• C) Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y PCR a tiempo real: Se usan para la amplificación de secuencias específicas de ADN o ARN, mediante el empleo de cebadores y/o sondas fluorescentes específicas. Su principal utilidad es la amplificación de regiones genéticas de interés para el estudio de alteraciones moleculares como mutaciones o como paso previo a distintos tipos de secuenciación en cáncer (ver puntos siguientes). De esta manera podemos identificar alteraciones de mínimo tamaño en las secuencias de ADN que no pueden ser detectadas usando otras técnicas como FISH.
• D) Secuenciación capilar: Es una técnica para la amplificación de secuencias nucleótidas individuales para la detección de mutaciones somáticas en cáncer, mediante electroforesis de productos de PCR a través de un polímero. Empleamos esta tecnología para el análisis final de la presencia de reordenamientos de los genes lg o TCR en lesiones linfoproliferativas de estirpe B o T, respectivamente y para la secuenciación de genes individuales.
• E) Pirosecuenciación: Se trata de una técnica basada en luminiscencia desarrollada en nuestro servicio para el estudio de los niveles de metilación del gen MGMT implicado en el tratamiento oncológico del glioblastoma multiforme.
• F) Secuenciación de nueva generación (NGS) o secuenciación masiva es una tecnología que permite la secuenciación en paralelo de millones de pequeños fragmentos de ADN. Toda esta información en forma de pequeñas secuencias se integra mediante análisis bioinformático, tras el mapeo en el genoma humano de referencia de las lecturas individuales, con el fin de detectar variantes somáticas presentes en el tejido tumoral que están asociados a una respuesta diferencial al tratamiento oncológico. La técnica de NGS presenta múltiples ventajas con respecto a la secuenciación capilar y otras técnicas moleculares y citogenéticas al hacer posible el análisis simultáneo de todas estas variantes presentes en múltiples genes amplificados a partir de una única muestra, partiendo de cantidades mínimas de ácidos nucleicos que en muchas ocasiones constituye el único material de estudio del paciente. 
  Mediante esta tecnología se analizan variantes alélicas somáticas, presentes únicamente en el tumor en forma de mutaciones, indels, variaciones en el número de copias (CNVs) y fusiones de genes imprescindibles en el diseño personalizado del tratamiento oncológico. En concreto analizamos tumores de pulmón, ovario, mama, tumores digestivos (colangiocarciomas, etc), sarcomas, tumores cerebrales e infantiles de los pacientes del Servicio Navarro de Salud-Osasunbidea.
  Contamos para ello con paneles dirigidos de NGS basada en amplicones o en captura de híbridos. Actualmente desarrollamos paneles que contienen 50 genes para la rutina asistencial y otros dos paneles de 161 y 638 genes para el estudio de casos seleccionados. El panel de 638 genes permite analizar además la carga mutacional y la presencia de inestabilidad de microsatélites. Se cuenta además con paneles para el estudio de alteraciones en sarcomas y tumores infantiles así como un panel de 50 genes de estudio en biopsia líquida (plasma sanguíneo). 

• Elaboración de matrices de tejidos (Tissue-microarrays) mediante el sistema semi-automático Beecher.
• CISH (hibridación in “situ cromógena”) de virus de Epstein-Barr, y cadenas ligeras kappa y lambda.
• SISH: para amplificación de Her-2.
• Estudio intraoperatorio de de ganglio centinela en cáncer de mama mediante OSNA (One Step Nucleic Acid Amplification).