La hospitalización del servicio se encuentra en la tercera planta del edificio V, donde se cuenta con 19 camas. 
Las intervenciones se realizan en el Quirófano Central II (en la planta 1ª del edificio V) en el Quirófano Maternal (planta 1ª del edificio M) y en el quirófano del Hospital San Juan de Dios. Las consultas externas se ubican en la primera planta del Centro de Consultas Príncipe de Viana (CCI) y en el Centro de Consultas San Martín.
En cuanto a las pruebas, los estudios urodinámicos se realizan en la planta baja del edificio V, la sala de litotricia en el sótano del mismo edificio.