Histokimikaren helburua da agerian jartzea ebakidura histologiko batean dagoen molekula bat edo molekula familia bat eta "in situ" aztertzea ehunean duen banaketa.

Bi motatako teknika histokimikoak daude: erreakzio kimikoak eta entzimatikoak.

-Erreakzio kimikoen bidez ehuneko molekulen aldaketa kimikoa eragiten da, gero haiek koloreztatu ahal izateko. Badaude teknika histokimikoak gluzidoak, proteinak eta nukleotidoak detektatzeko.

-Histokimika entzimatikoaren oinarria da ehuneko zenbait entzima gai direla finkatze prozesuaren ondoren ere beren gune aktiboa funtzional mantentzeko. Entzima horiek eta berak dauzkaten zelulak agerian jartzen dira erreakzio entzimatiko baten bidez, non substratu disolbagarri eta koloregabe batzuk produktu disolbaezin eta koloredun bilakatzen baitira.

 Guztira 28 teknika erabiltzen ditugu.

Immunohistokimika deritzon prozeduraren bidez antigeno espezifiko bat, gehienetan proteina bat, detektatu, anplifikatu eta bistaratu egiten da. Teknika honek aukera ematen du substantzia espezifiko batek ehunean edo zelulan duen kokapena identifikatzeko. Identifikatu nahi den substantziarekin (antigeno primarioa) espezifikoki elkartzen diren antigorputzen erabileran oinarritzen da.

Guztira 330 antigorputz ditugu eskuragarri lagin histologiko eta zitologikoetan erabiltzeko.

Baditugu gongoil zelatariaren protokoloak melanomarako, bularreko minbizirako, endometrioko minbizirako, bulbako minbizirako, umetoki-lepoko minbizirako eta zakileko minbizirako.

Immunofluoreszentzia immunomarkatze teknika bat da, substantzia fluoreszente batekin lotura kimikoa duten antigorputzak erabiltzen dituena molekula jakin baten presentzia frogatzeko.

Immunofluoreszentzia primarioa, edo zuzenekoa, ZIF (zuzeneko immunofluoreszentzia) siglen bidez ere ezaguna, fluorokromo bati kimikoki lotuta dagoen antigorputz bakar batez baliatzen da. Antigorputzak ezagutu egiten du jomugako molekula eta zuzenean lotzen da berarekin. Tindaketa immunohistokimikoko teknika gisa erabiltzen denean, jomugako molekula jalkitzen den eremua zona distiratsu gisa identifikatzen ahal da fluoreszentziako mikroskopioan.​​​​​​

Mikroskopio elektronikoak argi ikusgaiaren ordez elektroiak erabiltzen ditu objektu txiki-txikien irudiak osatzeko. Mikroskopio elektronikoak anplifikazio handiagoak lortzen ditu mikroskopio optiko onenak baino, elektroien uhin luzera fotoi "ikusgai"ena baino askoz txikiagoa delako.

Batez ere giltzurruneko biopsiak aztertzeko erabiltzen da.

Honako teknika molekular hauek erabiltzen ditugu aldaketa somatikoak aztertzeko ehun patologikoan, funtsean tumore-ehunean:

• A) In situ hibridazio fluoreszentea (FISH): teknika honek azido nukleikoen sekuentziak detektatzen ditu kontserbatutako zelula edo ehunetan, genomako toki espezifikoetan hibridatzen diren zunda gidatuak erabiliz. Zunda horiek fluorokromo fluoreszenteekin markaturik daude, eta horrela mikroskopioan zuzenean ikus daitezke aztertutako sekuentzien aldaketa molekularrak; funtsean, geneen bat-egiteak eta anplifikazioak.
• B) Azido nukleikoen erauzketa (DNA, RNA). Kit espezifikoen bidez azido nukleikoak ateratzen dira parafinatan sartutako ehunen ebakiduretatik eta tindatutako lagin zitologikoetatik.
• C) Polimerasaren kate-erreakzioa (PCR) eta denbora errealeko PCRa: DNA edo RNA sekuentzia espezifikoak anplifikatzeko erabiltzen dira, hasle eta zunda fluoreszente espezifikoak baliaturik. Haien helburu nagusia da intereseko gene-eskualdeak anplifikatzea, linfometan klonak identifikatzeko eta hainbat minbizi motatan aldaketa oso txikiak detektatzeko, mutazioak esaterako, zunden bidez (denbora errealeko PCRa) edo sekuentziazioaren bidez (ikus hurrengo puntuak). Horrela DNA sekuentzietan aldaketa oso txikiak identifikatzen ahal ditugu, FISH eta beste teknika batzuk erabiliz detektatu ezin direnak
• D) Sekuentziazio kapilarra: banakoen nukleotido-sekuentziak lortzeko teknika da, eta minbiziaren mutazio somatikoak detektatzeko erabiltzen da, PCRaren produktuen elektroforesia eginez polimero batean.
• E) Belaunaldi berriko sekuentziazioa (NGS) edo sekuentziazio masiboa deritzon teknologiak milioika DNA zatitxo paraleloan sekuentziatzea ahalbidetzen du. Sekuentzia txiki horien informazio hori guztia analisi bioinformatikoaren bitartez integratzen da, banakoen irakurketak erreferentziako giza genoman mapatu eta gero. Horrela tumore-ehunean aldaera somatikoak detektatzen ahal dira, tratamendu onkologikoarekiko erantzun desberdinekin lotuta daudenak. NGS teknikak abantaila asko ditu sekuentziazio kapilarraren eta beste teknika molekular eta zitogenetiko batzuen aldean. Izan ere, lagin bakar batetik abiatuta anplifikatutako gene askotan dauden aldaera horiek guztiak batera aztertzeko aukera ematen du, azido nukleikoen kantitate oso txikiak erabiliz, maiz horixe izaten baita pazientearen material bakarra azterketarako.

• Ehun-matrizeak (tissue-microarray deituak) prestatzea Beecher sistema erdiautomatikoaren bidez.

• Epstein-Barren birusaren in situ hibridazio kromogenoa (CISH), eta kappa eta lambda kate arinak.

• SISH: Her-2 genearen anplifikaziorako.

• Bularreko minbiziaren gongoil zelatariaren ebakuntza barneko azterketa OSNA teknikaren bidez (One Step Nucleic Acid Amplification).