Tras este acuerdo del Gobierno, la Comisión queda del siguiente modo:

• Presidente: Consejero de Cultura y Turismo.
  
• Vicepresidente: La persona que el Presidente designe de entre los miembros de la Comisión.
  
• Arzobispo de Pamplona o persona en quien delegue.
  
• El rector del santuario de Javier.
  
• El acalde de Javier.
  
• El consejero de Administración Local y portavoz del Gobierno o persona en quien delegue.
  
• El consejero de Obras Públicas, Transportes y Comunicaciones o persona en quien delegue.
  
• La directora general de Cultura.
  
• El director general de Turismo.
  
• El director general de Comunicación.
  
• Secretario: el Director del Servicio de Protocolo y Publicaciones del Gobierno de Navarra.

El Gobierno de Navarra creó esta comisión organizadora del Quinto Centenario de San Francisco Javier el 5 de abril de 2004 y las modificaciones introducidas en su composición por el acuerdo de hoy traen causa de tres acontecimientos acaecidos desde entonces.

- En primer lugar, la Compañía de Jesús ha designado como su representante en la Comisión al rector de Javier, por lo que este adquiere la doble representación del santuario y de la Compañía.

- En segundo término, la nueva composición desdobla la representación del Departamento de Cultura y Turismo en los directores generales de Cultura y de Turismo, después de la remodelación habida en el organigrama de este Departamento.

- Y, por último, se da asiento en la Comisión al director general de Comunicación del Gobierno de Navarra en razón del incremento de las acciones de comunicación requeridas a medida que avanza la ejecución del proyecto.