El Canal de Navarra tiene su origen en la obra de toma del embalse de Itoiz, en el término municipal de Lónguida, y se dirige hacia el sur hasta terminar en la laguna de Lor en el término municipal de Ablitas.

En su inicio, el Canal recorre el borde septentrional de la Cuenca de Aoiz, para pasar, posteriormente, al borde sudeste de la Cuenca de Pamplona a lo largo de la sierra de Alaiz. Una vez fuera de la Cuenca de Pamplona, se dirige hacia el sur atravesando la zona correspondiente a la Navarra Media oriental, apoyándose en las estribaciones occidentales de las Sierras de Aláiz y de Ujué.

Continuando hacia el sur, el Canal, una vez atravesado el valle del río Aragón y el extremo noroeste de Bardenas Reales, se adentra en la Ribera tudelana hasta alcanzar y cruzar el río Ebro, para luego discurrir en la misma dirección hasta Montes de Cierzo, los cuales bordea de este a oeste. Dejados los montes de Cierzo, el Canal retoma la dirección sur para finalizar, como ya se ha indicado, en la laguna de Lor.