Los parajes declarados hoy Zona Especial de Conservación tienen las siguientes características:

Larra-Aztaparreta

Se sitúa en el extremo nororiental de Navarra, incluido totalmente en el Término Municipal de Isaba, y comprende las cimas montañosas con mayor altitud de la Comunidad Foral: Mesa de los Tres Reyes (2.446 m.) y Añelarra (2.349 m.). Larra-Aztaparreta es uno de los escenarios de montaña de mayor interés y fuerte atractivo, por sus espectaculares paisajes, con uno de los más desarrollados complejos kársticos de Europa, y su riqueza en ecosistemas, hábitats y especies de interés.

Tiene una superficie de 3.922,97 hectáreas y es especialmente importante porque alberga la única representación en Navarra de determinados hábitats típicamente alpinos. El lugar contiene las únicas masas de Pinus uncinata y de hayedos acidófilos pirenaicos de Navarra, aunque también son destacables sus pastos y hábitats de roquedo.

Se pueden encontrar más de 40 especies de flora catalogada y amenazada. En cuanto a la fauna, se trata de la zona de campeo del oso pardo, por lo que está incluido en el Plan de Recuperación de la especie. También están presentes otros mamíferos típicos de las zonas alpinas como los sarrios y aves tan características como la perdiz nival, el quebrantahuesos o el urogallo. También se han localizado poblaciones de Rana pyrenaica, una especie cuya distribución mundial se circunscribe a algunas cabeceras de los valles pirenaicos.

Larrondo-Lakartxela

Se localiza entre los LIC de Larra-Aztaparreta y Roncesvalles-Selva de Irati y ocupa superficie de los municipios de Uztárroz e Isaba, siendo esta zona septentrional de Navarra el inicio de las primeras estribaciones importantes del Pirineo. Se extiende por una superficie de 2.614,16 ha donde hay que destacar la abundancia y gran complejidad de sus pastizales. Además hay extensos bosques de hayedos y  pinares de pino silvestre. Estas masas boscosas juegan un importantísimo papel ecológico como sustento, refugio de fauna, así como corredor ecológico entre la vertiente norte y vertiente sur de los Pirineos y entre las cumbres pirenaicas y la cordillera cantábrica.

La flora de este territorio es una buena representación de la flora de montaña de la región alpina. En cuanto a la fauna, Larrondo-Lakartxela acoge una comunidad animal típica de alta montaña, apareciendo especies como la perdiz pardilla, el pico dorsiblanco, el sarrio o el armiño. Además éste territorio es también un área potencial para la presencia regular del oso pardo.

Sierra de Arrigorrieta y Peña Ezkaurre

Ocupa una extensión de 6.378,16 hectáreas y se sitúa entre los términos municipales de Isaba, Urzainqui, Roncal y Garde. A diferencia de los anteriores, este ZEC se incluye dentro de la región bioclimática mediterránea. Destaca fundamentalmente el macizo kárstico de peña Ezkaurre, aunque tres cuartas partes de su superficie están ocupadas por bosques de pinos, hayas, robles y abetos. El hábitat varía considerablemente según la altura: por encima de los 1.700 metros se encuentran pastizales y en las riberas del río hay bosques en galería con tilos, olmos, fresnos, avellanos y saucedas.

Este lugar constituye un valioso espacio en lo que a flora se refiere. Las especies vegetales de mayor interés en el espacio son orófitas, varias son endémicas y su distribución y localización son muy limitadas.  Entre las especies de fauna, junto con el oso pardo, las aves tienen gran relevancia. Destacan las especies ligadas al ámbito alpino y subalpino, y entre ellas la perdiz pardilla, el quebrantahuesos  y el pico dorsiblanco. Las regatas albergan poblaciones de diversas especies de anfibios y mamíferos semiacuáticos de interés; tritón pirenaico, rana pirenaica, desmán del Pirineo y nutria.