Documentos del fondo "Cámara de Comptos"
El archivo tiene su origen más remoto en el antiguo archivo de las Cortes, que desde 1576 también lo fue de la Diputación del Reino. Su configuración como archivo de las instituciones del reino de Navarra se sitúa en 1836. Ese año la Diputación recibió la gestión y custodia del archivo de la recién suprimida Cámara de Comptos, que quedó así unido al archivo del Reino, formado por la documentación de las Cortes y Diputación.
Convertido de este modo en Archivo de las instituciones extinguidas, continuó recibiendo fondos de antiguos organismos del reino como el Consejo Real, la Corte Mayor, el Virrey, además de documentación de las instituciones eclesiásticas desamortizadas, instituciones benéficas y sanitarias, notariales y registrales, y ya en los últimos años, documentación de la Administración periférica del Estado entregada en depósito, como los fondos de Delegación de Hacienda y Gobierno Civil, y documentación de la Administración judicial como el fondo de Audiencia Territorial. El último fondo institucional recibido ha sido el de Diputación Foral y Provincial de Navarra.