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La rifaximina está indicada en la enterocolitis bacteriana resistente al tratamiento sintomático en pacientes de riesgo (por patología asociada, inmunodepresión o edad avanzada), en la colitis pseudomembranosa en pacientes resistentes a la vancomicina y en la diverticulitis aguda. También como profilaxis pre y post operatoria en cirugía del tracto gastrointestinal y como terapia coadyuvante en la hiperamoniemia.