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Fondaparinux es un inhibidor sintético y selectivo del factor X activado (Xa). La actividad antitrombótica es consecuencia de la inhibición selectiva del factor Xa mediado por la antitrombina III (ATIII). La neutralización del factor Xa interrumpe la cascada de coagulación sanguínea e inhibe la formación de trombina y el desarrollo de trombos. Fondaparinux no inactiva la trombina (factor II activado) y no posee efectos sobre las plaquetas.