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En la Comunidad Foral, al igual que otras Comunidades Autónomas, la jerarquía de los juzgados y tribunales adopta una estructura en forma de pirámide. Así, Navarra cuenta con juzgados de paz, juzgados unipersonales, la Audiencia Provincial, el Tribunal Superior de Justicia de Navarra y la Fiscalía Superior. La organización judicial en Navarra se compone de cinco partidos judiciales: Pamplona, Aoiz, Estella, Tafalla y Tudela.
Desde 1999, año de su creación, la Dirección General de Justicia e Interior, integrada en el departamento de Presidencia, Administraciones Públicas e Interior, es la encargada de dotar de medios materiales y personales a la administración de Justicia en Navarra.