En las elecciones celebradas el 13 de junio de 1999 tan sólo ejerció su derecho al voto el 66,25% de las 461.729 personas que componían el censo electoral, con lo que la abstención se elevó al 33,75%. Los resultados fueron los siguientes: UPN 22 escaños (125.497 votos); PSN-PSOE 11 escaños (61.531 votos); EH 8 escaños (47.271); IU-EB 3 escaños (20.879); CDN 3 escaños (20.821); y EA/EAJ-PNV 3 escaños (16.512 votos).
Tras estas elecciones se conformó el tercer Gobierno regionalista presidido por el candidato de UPN, Miguel Sanz Sesma. La composición de este Gobierno fue la siguiente:
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Educación y Cultura: Jesús Laguna Peña (Pamplona, 23-5-1940).
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Salud: Santiago Cervera Soto (Pamplona, 27-3-1965).
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Bienestar Social: Calixto Ayesa Dianda (Pamplona, 25-2-1936).
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Obras Públicas, Transportes y Comunicaciones: José Ignacio Palacios Zuasti (Pamplona, 14-8-1952).
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Agricultura, Ganadería y Alimentación: Ignacio Martínez Alfaro (Carcastillo, 30-10-1955).
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Industria y Tecología, Comercio, Turismo y Trabajo: Nuria Iturriagagoitia Ripoll (Barcelona, 9-1-1962).